El consumo de BPA durante largos periodos de tiempo, incluso en dosis bajas, puede aumentar el riesgo de cánceres dependientes de hormonas como el de ovarios o de mama. También se asocia con problemas en el sistema reproductivo, especialmente en el femenino, pudiendo aparecer cambios en la ovulación, abortos espontáneos, la hiperplasia endometrial y el desarrollo de quistes ováricos.
Se ha encontrado que el BPA está asociado con una amplia gama de trastornos metabólicos. El BPA es un compuesto lipofílico, es decir, se acumula preferiblemente en los tejidos adiposos. El BPA puede alterar el perfil lipídico y promover obesidad, diabetes y aumento en el acúmulo de triglicéridos y colesterol, lo que puede ayudar a la aparición de hígado graso y enfermedades como aterosclerosis. También se ha visto que favorece la resistencia a la insulina y una disminución en su producción, favoreciendo la aparición de diabetes mellitus y diabetes gestacional en el embarazo. Por otra parte, El BPA durante el embarazo y lactancia puede afectar el desarrollo del bebe.
El BPA también se ha relacionado con trastornos generales de la salud como el sistema inmunológico alterado, trastornos neurológicos como la ansiedad y la depresión y aparición de enfermedades cardiovasculares que incluyen infarto de miocardio, arritmias e hipertensión.